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    【技能】Win10系統(tǒng)Bash中快速安裝和使用LAMMPS的方法
    來源:本站 時間:2019-10-25 16:19:09 瀏覽:5961次


    前言

    對于LAMMPS初學(xué)者來說,第一件事就是在自己電腦上安裝一個可以運行的LAMMPS程序。但是大多數(shù)初學(xué)者都是自己課題組模擬計算的先鋒隊,沒有安裝和使用LAMMPS的經(jīng)驗,并且習(xí)慣了Windows操作系統(tǒng),更不愿意將自己的電腦系統(tǒng)轉(zhuǎn)變?yōu)長inux系統(tǒng)。因此,部分初學(xué)者會在自己的電腦上安裝虛擬機,在虛擬機中安裝和使用LAMMPS;另外一些初學(xué)者可能會嘗試在自己的電腦上安裝上雙系統(tǒng)。這兩種方式筆者都嘗試過,用起來存在很多不方便得地方,特別是雙系統(tǒng),經(jīng)常需要在Windows系統(tǒng)和Linux系統(tǒng)來回切換,筆者已無力吐槽這種方式。

    Build 2016大會上,微軟公司公布了重磅消息,Win10系統(tǒng)下可以直接使用基于Ubuntu的Bash Shell,不再需要安裝笨重的虛擬機,并且Bash用起來更加順暢,與Windows系統(tǒng)共享存儲的文件,與受眾的親和力有了很大的提高。

    本文對Win10系統(tǒng)下如何安裝和使用LAMMPS進行了簡單總結(jié),供初學(xué)者參考。整個安裝過程包括兩部分:(1)在Win10系統(tǒng)下啟動Ubuntu系統(tǒng);(2)Ubuntu系統(tǒng)下LAMMPS的安裝和測試。


    安裝過程

    ? 在Win10系統(tǒng)下啟動Ubuntu系統(tǒng)

    Win10系統(tǒng)安裝過程中本身不包含Ubuntu系統(tǒng),需要手動添加,添加的方法非常簡單。

    (1)具體安裝過程為:打開設(shè)置——更新和安全——開發(fā)者選項——選擇 “開發(fā)人員模式”。

    (2)然后進入控制版面——程序——啟動或關(guān)閉Windows功能——勾選“適用于LinuxWindows子系統(tǒng)”——點擊確定。安裝過程中需要重啟計算機,并且需要下載Linux安裝程序。

    (3)安裝之后可以直接在搜索中輸入“bash”就可以找到安裝的bash shell,也可以直接在cmd中輸入“bash”轉(zhuǎn)換到bash shell。

    ? Ubuntu系統(tǒng)下LAMMPS的安裝和測試

    第一種方法非常簡單,根據(jù)LAMMPS官方手冊,可以直接采用編譯好的可執(zhí)行文件進行安裝。復(fù)制以下命令,依次執(zhí)行,即可獲得執(zhí)行文件lmp_daily

    1)sudo add-apt-repository ppa:gladky-anton/lammps

    2)sudo apt-get update

    3)sudo apt-get install lammps-daily

    4)cd /lammps/examples/HEAT(打開LAMMPS中有關(guān)傳熱的例子)

    運行程序測試:mpirun -np 8 lmp_daily -in in.spce.hex

    或者:mpirun -np 8 lmp_daily < in.spce.hex

    第二種安裝方法稍微復(fù)雜一點,但是對初學(xué)者來說也并不難

    1)sudo apt install -y build-essential ccache gfortran openmpi-bin libopenmpi-dev libfftw3-dev libjpeg-dev libpng12-dev python-dev python-virtualenv libblas-dev liblapack-dev libhdf5-serial-dev hdf5-tools(更新和安裝LAMMPS所需要的安裝包,這部分可以根據(jù)需要選擇性安裝)

    2)wget http://lammps.sandia.gov/tars/lammps-stable.tar.gz(從官網(wǎng)下載LAMMPS安裝包)

    3)tar xvzf lammps-stable.tar.gz(解壓安裝包)

    4)cd lammps(注意:這里解壓后的文件夾名為lammps,而實際解壓的文件名可能不同,需要根據(jù)實際解壓的文件名進行調(diào)整,可以在命令行輸入“l(fā)s”進行查看)

    5)cd src/

    6)make -j 4 mpi(編譯可執(zhí)行的文件,成功后會在src文件夾下面得到執(zhí)行文件名字為 “lmp_mpi”。但是在每次計算中,都需要將可執(zhí)行文件的絕對路徑添加上才能計算,比較麻煩。可以通過設(shè)定臨時路徑或者修改 “.bashrc”文件解決這個問題,兩者擇一即可)

    保存臨時路徑(第一種方法)

    7)cd(跳轉(zhuǎn)到根目錄)

    8)mkdir lmp(建立臨時文件夾lmp)

    9)cp lammps/src/lmp_mpi ./lmp/(將可執(zhí)行文件復(fù)制cp到lmp中)

    10)pwd(顯示當(dāng)前路徑)

    11)LAMMPS_DIR=$PWD(保存臨時路徑,并進行測試)

    12)cd /lammps/examples/HEAT(打開LAMMPS中有關(guān)傳熱的例子)測試:mpirun -np 8 $LAMMPS_DIR/lmp_mpi -in in.spce.hex

    或者:mpirun -np 8 $LAMMPS_DIR/lmp_mpi -in in.spce.hex

    或者修改 .bashrc文件(第二種方法)

    13)執(zhí)行完上述步驟后繼續(xù)下面的步驟

    14)vi .bashrc(輸入i,進入編輯模式,并且在.bashrc文件結(jié)尾添加“ export PATH=~/lmp:$PATH”;然后點擊ESC鍵,分別輸入冒號wq,點擊Enter,完成對文件的修改)

    15)source  .bashrc

    16)cd /lammps/examples/HEAT(打開LAMMPS中有關(guān)傳熱的例子)運行程序測試:mpirun -np 8 lmp_mpi -in in.spce.hex

    或者:mpirun -np 8 lmp_mpi < in.spce.hex

    本文主要參考了LAMMPS手冊:https://lammps.sandia.gov/doc/Howto_bash.html

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    ————END————

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    12條評論
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    全部 3小時前 四川
    文字是人類用符號記錄表達信息以傳之久遠的方式和工具?,F(xiàn)代文字大多是記錄語言的工具。人類往往先有口頭的語言后產(chǎn)生書面文字,很多小語種,有語言但沒有文字。文字的不同體現(xiàn)了國家和民族的書面表達的方式和思維不同。文字使人類進入有歷史記錄的文明社會。
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