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項目介紹

真核生物染色體是由DNA分子包裹組蛋白形成的核小體結(jié)構(gòu)并通過一系列折疊過程而形成的。大多數(shù)基因組中的染色質(zhì)都緊緊纏繞在細胞核內(nèi)，一部分呈松散的狀態(tài)。為染色質(zhì)開放區(qū)。而DNA的復(fù)制轉(zhuǎn)錄是需要將DNA的緊密結(jié)構(gòu)打開，打開的染色質(zhì)允許其他調(diào)控因子結(jié)合的特性。因此認為染色質(zhì)的可及性與轉(zhuǎn)錄調(diào)控密切相關(guān)。

斯坦福大學(xué)的研究人員2013年在Nature Methods首次發(fā)表。Greenleaf實驗室的Buenrostro等發(fā)布了一項整合的、多維的遺傳學(xué)分析方法，這種方法通過Tn5轉(zhuǎn)座酶將測序的adapters插入到基因組上的“可接近”區(qū)域來標記調(diào)控的區(qū)域。這種轉(zhuǎn)座酶可接近性染色質(zhì)的研究方法(assay of transposase accessible chromatin, ATAC-seq)可以最少只利用大約500個細胞就可以快速的得到調(diào)控的多維信息，比其他方法要節(jié)省大約3到5個數(shù)量級的細胞。并且由于ATAC-seq的實驗流程中沒有片段選擇的步驟，所以這種方法可以同時獲得“開放”染色質(zhì)的位置、轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點、核小體的調(diào)控區(qū)域和染色質(zhì)狀態(tài)等信息。

實驗流程

樣品要求

單細胞核懸浮液

濃度：3000-5000個細胞核/ul；體積：＞50ul；核膜完整性較好。

單細胞懸浮液

濃度：500-2000個細胞/ul；細胞總數(shù)：＞10⁶ ；細胞活性：＞90%。

項目案列

轉(zhuǎn)錄因子鑒定細胞類型

轉(zhuǎn)錄因子與細胞類型

Peak峰共可及性分析

細胞聚類

常見問題

學(xué)術(shù)文章

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