韩国精品主播一区二区在线观看,久久综合欧美,国产一区二区三区福利,欧美日韩激情一区二区三区
    快捷下單入口 關(guān)于 合作 招聘 新人手冊 會員中心

    熱線：400-152-6858

    測試狗科研服務

    預存 免費試測 登錄
    Document
    當前位置：文庫百科 ? 文章詳情
    ASE原子模擬環(huán)境入門之操作原子
    來源： 時間：2022-12-16 16:36:30 瀏覽：2588次

    銀吸附在鎳板上

    我們建立一個由四個Ni原子組成的單層平板和一個Ag吸附原子構(gòu)成的模型。

    定義原子板

    

    >>> from math import sqrt
    

    >>> from ase import Atoms
    

    >>> a = 3.55
    

    >>> atoms = Atoms('Ni4',
    

    ...               cell=[sqrt(2) * a, sqrt(2) * a, 1.0, 90, 90, 120],
    

    ...               pbc=(1, 1, 0),
    

    ...               scaled_positions=[(0, 0, 0),
    

    ...                                 (0.5, 0, 0),
    

    ...                                 (0, 0.5, 0),
    

    ...                                 (0.5, 0.5, 0)])
    

    >>> atoms.center(vacuum=5.0, axis=2)

    看看晶胞和原子的位置:

    

    >>> atoms.cell
    

    Cell([[5.020458146424487, 0.0, 0.0], [-2.5102290732122423, 4.347844293440141, 0.0], [0.0, 0.0, 10.0]])
    

    >>> atoms.positions
    

    array([[ 0.        ,  0.        ,  5.        ],
    

            [ 2.51022907,  0.        ,  5.        ],
    

            [-1.25511454,  2.17392215,  5.        ],
    

            [ 1.25511454,  2.17392215,  5.        ]])
    

    >>> atoms[0]
    

    Atom('Ni', [0.0, 0.0, 5.0], index=0)

    將這個結(jié)構(gòu)寫入一個文件，并通過調(diào)用ase.gui來繪制整個系統(tǒng):

    >>> from ase.visualize import view
    >>> atoms.write('slab.xyz')
    >>> view(atoms)

    在查看器(ase  gui)中，可以在所有三個方向上重復單元格(使用Repeat ? View window)。從命令行，使用ase  gui -r 3,3,2 slab.xyz。

    我們現(xiàn)在在一個高度為h=1.9?的三原子中心位點添加一個吸附原子 :

    

    >>>h = 1.9
    

    >>> relative = (1 / 6, 1 / 6, 0.5)
    

    >>> absolute = np.dot(relative, atoms.cell) + (0, 0, h)
    

    >>> atoms.append('Ag')
    

    >>> atoms.positions[-1] = absolute

    現(xiàn)在的結(jié)構(gòu)是這樣的:

    

    view(atoms)




    構(gòu)造界面


    現(xiàn)在，我們用Ni(111)和水做一個界面。首先我們需要一層水。在這個腳本W(wǎng)L.py中構(gòu)建了一層水，并保存在文件WL.traj中。

    WL.py

    

    import numpy as np
    

    from ase import Atoms
    

    p = np.array(
    

        [[0.27802511, -0.07732213, 13.46649107],
    

         [0.91833251, -1.02565868, 13.41456626],
    

         [0.91865997, 0.87076761, 13.41228287],
    

         [1.85572027, 2.37336781, 13.56440907],
    

         [3.13987926, 2.3633134, 13.4327577],
    

         [1.77566079, 2.37150862, 14.66528237],
    

         [4.52240322, 2.35264513, 13.37435864],
    

         [5.16892729, 1.40357034, 13.42661052],
    

         [5.15567324, 3.30068395, 13.4305779],
    

         [6.10183518, -0.0738656, 13.27945071],
    

         [7.3856151, -0.07438536, 13.40814585],
    

         [6.01881192, -0.08627583, 12.1789428]])
    

    c = np.array([[8.490373, 0., 0.],
    

                  [0., 4.901919, 0.],
    

                  [0., 0., 26.93236]])
    

    W = Atoms('4(OH2)', positions=p, cell=c, pbc=[1, 1, 0])
    

    W.write('WL.traj')

    現(xiàn)在運行WL.py腳本，從traj文件中讀取原子對象:

    

    from ase.io import read
    

    >>> W = read('WL.traj')

    使用視圖的看看結(jié)構(gòu)

    我們看看這個單位晶胞

    

    W.cell
    

    Cell([8.490373, 4.901919, 26.93236])

    我們需要一個鎳(111)平板，它與水盡可能接近。一個2 × 4正交的fcc111 超晶胞應該足夠好了。

    

    >>> from ase.build import fcc111
    

    >>> slab = fcc111('Ni', size=[2, 4, 3], a=3.55, orthogonal=True)
    


    

    slab.cell
    

    Cell([5.020458146424487, 8.695688586880282, 0.0])

    看看這兩個單元晶胞，我們可以看到，如果我們把其中一個單元晶胞在平面上旋轉(zhuǎn)90度，它們的匹配度相差大約2%。讓我們旋轉(zhuǎn)單元晶胞:

    W.cell = [W.cell[1, 1], W.cell[0, 0], 0.0]

    用rotate()旋轉(zhuǎn)分子：

    >>> W.rotate(90, 'z', center=(0, 0, 0))

    再將原子放回到晶胞里

    >>> W.wrap()

    wrap()方法僅在啟用周期性邊界條件時有效。我們在Ni(111)和水之間有2%的晶格失配，所以我們在平面上縮放水的晶胞以匹配平板的晶胞。參數(shù)scale_atoms=True表示原子位置應該隨單元格縮放。默認值是scale_atoms=False，表示單元格更改時笛卡爾坐標保持不變。

    

    >>> W.set_cell(slab.cell, scale_atoms=True)
    

    >>> zmin = W.positions[:, 2].min()
    

    >>> zmax = slab.positions[:, 2].max()
    

    >>> W.positions += (0, 0, zmax - zmin + 1.5)

    最后我們將水復制到平板上:

    >>> interface = slab + W
    >>> interface.center(vacuum=6, axis=2)
    >>> interface.write('NiH2O.traj')

    兩個atoms對象的求和，會將兩個atoms對象的原子位置都包括進來，而使用第一個atoms對象的超晶胞。


    計算狗·模擬計算

    評論 / 文明上網(wǎng)理性發(fā)言
    12條評論
    全部評論 / 我的評論
    最熱 /  最新
    全部 3小時前 四川
    文字是人類用符號記錄表達信息以傳之久遠的方式和工具?，F(xiàn)代文字大多是記錄語言的工具。人類往往先有口頭的語言后產(chǎn)生書面文字，很多小語種，有語言但沒有文字。文字的不同體現(xiàn)了國家和民族的書面表達的方式和思維不同。文字使人類進入有歷史記錄的文明社會。
    點贊12
    回復
    全部
    查看更多評論
    相關(guān)文章

    【科研干貨】電化學表征：循環(huán)伏安法詳解（上）

    2019-10-25

    晶體結(jié)構(gòu)可視化軟件 VESTA使用教程（下篇）

    2021-01-22

    手把手教你用ChemDraw 畫化學結(jié)構(gòu)式：基礎篇

    2021-06-19

    【科研干貨】電化學表征：循環(huán)伏安法詳解（下）

    2019-10-25

    基礎理論丨一文了解XPS（概念、定性定量分析、分析方法、譜線結(jié)構(gòu)）

    2020-05-03

    Zeta電位的基本理論、測試方法和應用

    2020-08-24

    項目推薦/Project
    第一性原理-聲子譜

    第一性原理-聲子譜

    第一性原理-吸附能

    第一性原理-吸附能

    熱門文章/popular

    【科研干貨】電化學表征：循環(huán)伏安法詳解（上）

    晶體結(jié)構(gòu)可視化軟件 VESTA使用教程（下篇）

    手把手教你用ChemDraw 畫化學結(jié)構(gòu)式：基礎篇

    電化學實驗基礎之電化學工作站篇 （二）三電極和兩電極體系的搭建 和測試

    【科研干貨】電化學表征：循環(huán)伏安法詳解（下）

    基礎理論丨一文了解XPS（概念、定性定量分析、分析方法、譜線結(jié)構(gòu)）

    微信掃碼分享文章

    意見反饋

    有獎舉報

    商務合作

    ...

    更多

    公眾號

    關(guān)注我們 了解更多

    小程序

    隨時預約 掌握進度

    舉報有獎

    TEL: 191-3608-6524

    如：在網(wǎng)絡上惡意使用“測試狗”等相關(guān)關(guān)鍵詞誤導用戶點擊、惡意盜用測試狗商標、冒稱官方工作人員等情形，請您向我們舉報，經(jīng)查實后，我們將給予您獎勵。

    舉報內(nèi)容：

    200

    上傳附件：
    文件格式不正確，請重新上傳文件格式不正確，請重新上傳文件格式不正確，請重新上傳
    文件格式：jpg、jpeg、png、gif、tif、doc、docx、ppt、pptx、xls、xlsx、pdf、zip、rar
    聯(lián)系方式
    姓名
    電話
    提交意見

    意見反饋

    Suggestions

    您可以在此留下您寶貴的意見，您的意見或問題反饋將會成為我們不斷改進的動力。

    意見類型
    測試服務
    網(wǎng)站功能
    財務報賬
    其他類型
    意見內(nèi)容

    200

    聯(lián)系方式
    姓名
    電話
    提交意見

    收起

    01

    專屬信用額度，先測后付0元下單

    02

    下單享高額積分，萬千好禮免費兌

    ￥200
    200元無門檻優(yōu)惠券
    立即激活 立即下單
    已使用
    已作廢

    全流程在線可視化，便捷高效觸手可及

    如下單過程中有任何疑問或需要幫助，請隨時咨詢專屬顧問~
    9折
    9折無門檻優(yōu)惠券

    支付一筆訂單后可領(lǐng)取

    立即領(lǐng)取 立即下單
    已使用
    已作廢

    免費測+驚喜盲盒+高額福利，多重福利大放送

    新人免費測

    雙雙開盲盒（100%中獎）

    邀請人專享

    受邀人專享

    創(chuàng)建/加入團隊，解鎖定制化權(quán)益

    01

    1500元團隊專屬優(yōu)惠券

    02

    萬元大額信用額度，享先測后付

    03

    團隊成員統(tǒng)一開票報銷；

    04

    專業(yè)工程師課題專屬服務

    領(lǐng)取成功，請下單
    請您支付一筆訂單后才可以領(lǐng)取優(yōu)惠券
    Document
    關(guān)于我們 新手幫助 測試干貨 商務合作 基金查詢 相關(guān)資質(zhì) 模擬計算 現(xiàn)場測試 服務項目 科研繪圖 同步輻射 電池行業(yè)

    聯(lián)系方式/contact

    400-152-6858

    工作時間/work time

    09:00-18:00

    測試狗公眾號

    關(guān)注我們 了解更多

    測試狗小程序

    隨時預約 掌握進度

    蜀公網(wǎng)安備51010602000648號

    蜀ICP備17005822號-1

    成都世紀美揚科技有限公司

    Copyright@測試狗·科研服務

    友情鏈接

    模擬計算 儀器產(chǎn)品負氧離子監(jiān)測中國炭黑網(wǎng)鹽霧試驗箱生物毒性檢測儀測量儀器智能試劑柜凝膠測試儀
    久久久一区二区三区捆绑sm调教| 九九久久精品无码专区| 一本—道久久a久久精品蜜桃| 婷婷五月在线播放| 国产精品综合| 日韩一区不卡| 中文字幕息子101在线| 性色一区二区三区| 九九五月天| 乱老年女人伦| 亚洲精品无码小说| 欧美精品6| 《超大爆乳护士》| 人妻人人澡| 91成版人在线观看入口| 国产精品国产精品不卡 | 久久er99热精品一区二区观看| 美女被操国产| 一道本欧美| 日韩AV电影一区二区| 亚洲爆乳精品无码一区二区三区| 麻豆av一区| 一道本久久| 日本色图在线观看| a在线v| 国产对白国语对白| 日韩精美视频| 香蕉久久精品| 四影虎院永久免| 色婷婷狠狠综合久久18禁| 99精品在线视频观看| 国产欧美精品午夜在线播放| 老熟女重囗味hdxx70星空| 美国一级毛片在线观看| 免费国产一级av片| 亚洲AV一二区| 天干天干天啪啪夜爽爽AV| 国产微胖熟女精品一区二区| 亚洲高潮无码久久久久久| 国产精品va一级二级三级| 国产一区二区女内射|